Madlax, de nom et âge inconnus, est une mercenaire très efficace vivant à Gathz-sonica, un pays agité par une guerre civile depuis douze ans.
Margaret, quant à elle, est une lycéenne vivant paisiblement à Nafrece. Orpheline appartenant à la bourgeoisie, elle vit avec sa domestique Eleanor et son ancienne préceptrice Vanessa.
Douze ans auparavant, Margaret et ses parents disparurent puis l’enfant fut retrouvée amnésique. Toutefois, un livre ayant appartenu
à son père et un don d’empathie qui semble lié à Madlax et aux troubles de Gathz-sonica l’attirent irrémédiablement... Ont-ils un lien avec son passé ?
Vanessa travaille pour Bookwald, une entreprise d’import-export de Nafrece. Par hasard, elle découvre que son employeur serait impliqué dans un trafic
d’armes avec Gathz-sonica. Intriguée, elle décide de mener son enquête. Peut-être pourra-t-elle également découvrir pourquoi ses parents
ont été accusés d’avoir déclanché la guerre civile 12 ans plus tôt ?